2026

Journal papers

titre

When Multi-Institutional Dataset Aggregation Masks Shortcut-like Behavior in Foundation Models for Medical Imaging

auteur

Elodie Germani, Fatima Zeineddine, Charbel Mourad, Shadi Albarqouni

article

Medical Image Analysis (Special Issue MICCAI 2025), 2026, 114, pp.104258. ⟨10.1016/j.media.2026.104258⟩
Invited journal extension of the MICCAI 2025 conference paper.

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Conference papers

titre

Disentangling Prompt Dependence to Evaluate Segmentation Reliability in Gynecological MRI

auteur

Elodie Germani, Krystel Nyangoh-Timoh, Pierre Jannin, John S. H. Baxter

article

International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI), 2026, Strasbourg, France. Presentation: Oral and poster.

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titre

MRIQT: Physics-Aware Diffusion Models for Image Quality Transfer in Neonatal Ultra-Low-Field MRI

auteur

Malek Al Abed, Sebiha Demir, Anne Groteklaes, Elodie Germani, Hemmen Sabir, Shadi Albarqouni

article

IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 2026. Presentation: Oral.

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titre

Comparing Problem Formulations for Endometriosis Lesion Detection on T2-weighted Pelvic MRI

auteur

Eliot Leguy, Krystel Nyangoh-Timoh, Pierre Jannin, John S. H. Baxter, Elodie Germani

article

MICCAI Workshop on Computer-Assisted Pelvic Imaging (CAPI) and Women's Health (WOMEN), 2026. Presentation: Oral and poster.

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titre

Multi-scale radiomics in pelvic MRI for endometriosis subtyping: highlighting data heterogeneity constraints

auteur

Eliot Leguy, C. Mallet, Nicolas Normand, Elodie Germani

article

MICCAI Workshop on Computer-Assisted Pelvic Imaging (CAPI) and Women's Health (WOMEN), 2026. Presentation: Poster.

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titre

Foundational values for foundation models

auteur

John S. H. Baxter, Elodie Germani

article

MICCAI Workshop on Fairness, Regulation and Ethics in Medical Imaging (FAIMI-BRIDGE-EPIMI), 2026. Presentation: Oral and poster.

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Poster communications

titre

Bridging the gap toward automated analysis of female pelvic MRI

auteur

Elodie Germani, John S. H. Baxter, Pierre Jannin, Krystel Nyangoh-Timoh

article

IABM 2026 - 6ème édition du Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédicale, Mar 2026, Lyon, France

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2025

Journal papers

titre

The HCP multi-pipeline dataset: an opportunity to investigate analytical variability in fMRI data analysis

auteur

Elodie Germani, Elisa Fromont, Pierre Maurel, Camille Maumet

article

Sci Data 12, 940. ⟨10.1038/s41597-025-05247-7⟩
Data available on Public-nEUro.

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titre

On the validity of fMRI studies with subject-level data processed through different pipelines

auteur

Elodie Germani, Xavier Rolland, Pierre Maurel, Camille Maumet

article

Imaging Neuroscience 3. ⟨imag_a_00522⟩.

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titre

Predicting Parkinson's disease trajectory using clinical and functional MRI features: a reproduction and replication study

auteur

Elodie Germani, Nikhil Baghwat, Mathieu Dugré, Rémi Gau, Albert Montillo, Kevin Nguyen, Andrzej Sokolowski, Madeleine Sharp, Jean-Baptiste Poline, Tristan Glatard

article

PLOS ONE 20(2): e0317566. ⟨10.1371/journal.pone.0317566⟩.

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Conference papers

titre

Bias and Generalizability of Foundation Models for Breast Mammography Classification

auteur

Elodie Germani, Ilayda Selin Türk, Fatima Zeineddine, Charbel Mourad, Shadi Albarqouni

article

International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, 2025. p. 24-34.

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titre

Mitigating analytical variability in fMRI results with style transfer

auteur

Elodie Germani, Camille Maumet, Elisa Fromont

article

Medical Imaging with Deep Learning (MIDL), 2025.

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2024

Conference papers

titre

Uncovering communities of pipelines in the task-fMRI analytical space

auteur

Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet

article

2024 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), Abu Dhabi, United Arab Emirates, 2024, pp. 3044-3050. ⟨10.1109/ICIP51287.2024.10647701⟩

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Workshop or conference summaries

titre

Proceedings of the OHBM Brainhack 2022

auteur

Stefano Moia, Hao-Ting Wang, Anibal S. Heinsfeld, Dorota Jarecka, Yu Fang Yang, Stephan Heunis, Michele Svanera, Benjamin De Leener, Andrea Gondová, Sin Kim, Arshitha Basavaraj, Johanna M. M. Bayer, Roza G. Bayrak, Pierre-Louis Bazin, Isil Poyraz Bilgin, Steffen Bollmann, Daniel Borek, Valentina Borghesani, Trang Cao, Gang Chen, Alejandro de La Vega, Sebastian Dresbach, Philipp Ehses, Jan Ernsting, Inês Esteves, Oscar Ferrante, Kelly G. Garner, Rémi Gau, Elodie Germani, Tara Ghafari, Satrajit S. Ghosh, Sarah E. Goodale, Cassandra D. Gould Van Praag, Samuel Guay, Omer Faruk Gulban, Yaroslav O. Halchenko, Michael Hanke, Peer Herholz, Katja Heuer, Felix Hoffstaedter, Ruoqi Huang, Renzo Huber, Ole Jensen, Kan Keeratimahat, Julian Q. Kosciessa, Sladjana Lukic, Neville Magielse, Christopher J. Markiewicz, Caroline G. Martin, Camille Maumet, Anna Menacher, Jeff Mentch, Christian Mönch, Shammi More, Leonardo Muller, Leonardo Muller-Rodriguez, Samuel A. Nastase, Eliana Nicolaisen-Sobesky, Dylan M. Nielson, Christopher R. Nolan, François Paugam, Pedro Pinheiro-Chagas, Ana Luísa Pinho, Alessandra Pizzuti, Benjamin Poldrack, Benedikt A. Poser, Roberta Rocca, Jacob Sanz-Robinson, Kelvin Sarink, Kevin R Sitek, Nadine Spychala, Rüdiger Stirnberg, Michał Szczepanik, Mohammad Torabi, Roberto Toro, Sebastian G. W. Urchs, Sofie L. Valk, Adina S Wagner, Laura K. Waite, Alexander Q. Waite, Lea Waller, Tyler J. Wishard, Jianxiao Wu, Yuchen Zhou, Janine D. Bijsterbosch

article

Aperture Neuro Vol. 4, 2024 ⟨10.52294/001c.92760⟩

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Poster communications

titre

Prédire l'évolution de la maladie de Parkinson à l'aide de données cliniques et d'IRM fonctionnelles: reproduction et robustesse d'une étude

auteur

Elodie Germani, Nikhil Baghwat, Mathieu Dugré, Rémi Gau, Andrzej Sokolowski, Elisa Fromont, Camille Maumet, Madeleine Sharp, Jean-Baptiste Poline, Tristan Glatard

article

IABM 2024 - 2ème édition du Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédicale , Mar 2024, Grenoble, France

article

🏆 This poster was awarded with the Best poster in medical imaging price during the conference, sponsored by Guerbet.

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2023

Journal papers

titre

On the benefits of self-taught learning for brain decoding

auteur

Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet

article

GigaScience, 2023, 12, pp.1-17. ⟨10.1093/gigascience/giad029⟩

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Poster communications

titre

Exploring variability patterns in the task-fMRI analytical space

auteur

Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet

article

OHBM 2023 - 29th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jul 2023, Montreal, Canada

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titre

Representation learning for more reproducible fMRI data analyses

auteur

Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet

article

IABM 2023 - Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédical, Mar 2023, Paris, France. pp.1

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2022

Poster communications

titre

FMRI data analysis: How does analytical variability vary with sample size?

auteur

Elodie Germani, Camille Maumet

article

OHBM 2022 - 28th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jun 2022, Glasgow, United Kingdom. pp.1-5

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2020

Journal papers

titre

SAPHIR: a Shiny application to analyze tissue section images

auteur

Elodie Germani, Hugues Lelouard, Mathieu Fallet

article

F1000Research, 2020, 9, pp.1276. ⟨10.12688/f1000research.27062.2⟩

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