2024

Conference papers

titre
Uncovering communities of pipelines in the task-fMRI analytical space
auteur
Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
article
Accepted at ICIP 2024 (rank A-B).
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https://hal.science/hal-04331232v2/file/icip2024-germ.pdf BibTex

Submitted preprints

titre
Predicting Parkinson's disease trajectory using clinical and functional MRI features: a reproduction and replication study
auteur
Elodie Germani, Nikhil Baghwat, Mathieu Dugré, Rémi Gau, Albert Montillo, Kevin Nguyen, Andrzej Sokolowski, Madeleine Sharp, Jean-Baptiste Poline, Tristan Glatard
article
Submitted to PLOS ONE.
Accès au texte intégral et bibtex
https://inserm.hal.science/inserm-04465765v1/file/main.pdf BibTex
titre
On the validity of fMRI studies with subject-level data processed through different pipelines
auteur
Elodie Germani, Xavier Rolland, Pierre Maurel, Camille Maumet
article
Submitted to Imaging Neuroscience.
Accès au texte intégral et bibtex
https://inserm.hal.science/inserm-04466478v1/file/template.pdf BibTex

Preprints

titre
Mitigating analytical variability in fMRI results with style transfer
auteur
Elodie Germani, Camille Maumet, Elisa Fromont
article
Submitted to Deep Generative Models workshop @ MICCAI 2024.
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https://inserm.hal.science/inserm-04531405v1/file/samplepaper.pdf BibTex

Workshop or conference summaries

titre
Proceedings of the OHBM Brainhack 2022
auteur
Stefano Moia, Hao-Ting Wang, Anibal S. Heinsfeld, Dorota Jarecka, Yu Fang Yang, Stephan Heunis, Michele Svanera, Benjamin De Leener, Andrea Gondová, Sin Kim, Arshitha Basavaraj, Johanna M. M. Bayer, Roza G. Bayrak, Pierre-Louis Bazin, Isil Poyraz Bilgin, Steffen Bollmann, Daniel Borek, Valentina Borghesani, Trang Cao, Gang Chen, Alejandro de La Vega, Sebastian Dresbach, Philipp Ehses, Jan Ernsting, Inês Esteves, Oscar Ferrante, Kelly G. Garner, Rémi Gau, Elodie Germani, Tara Ghafari, Satrajit S. Ghosh, Sarah E. Goodale, Cassandra D. Gould Van Praag, Samuel Guay, Omer Faruk Gulban, Yaroslav O. Halchenko, Michael Hanke, Peer Herholz, Katja Heuer, Felix Hoffstaedter, Ruoqi Huang, Renzo Huber, Ole Jensen, Kan Keeratimahat, Julian Q. Kosciessa, Sladjana Lukic, Neville Magielse, Christopher J. Markiewicz, Caroline G. Martin, Camille Maumet, Anna Menacher, Jeff Mentch, Christian Mönch, Shammi More, Leonardo Muller, Leonardo Muller-Rodriguez, Samuel A. Nastase, Eliana Nicolaisen-Sobesky, Dylan M. Nielson, Christopher R. Nolan, François Paugam, Pedro Pinheiro-Chagas, Ana Luísa Pinho, Alessandra Pizzuti, Benjamin Poldrack, Benedikt A. Poser, Roberta Rocca, Jacob Sanz-Robinson, Kelvin Sarink, Kevin R Sitek, Nadine Spychala, Rüdiger Stirnberg, Michał Szczepanik, Mohammad Torabi, Roberto Toro, Sebastian G. W. Urchs, Sofie L. Valk, Adina S Wagner, Laura K. Waite, Alexander Q. Waite, Lea Waller, Tyler J. Wishard, Jianxiao Wu, Yuchen Zhou, Janine D. Bijsterbosch
article
Aperture Neuro Vol. 4, 2024 ⟨10.52294/001c.92760⟩
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https://apertureneuro.org/article/92760-proceedings-of-the-ohbm-brainhack-2022 BibTex

Poster communications

titre
Prédire l'évolution de la maladie de Parkinson à l'aide de données cliniques et d'IRM fonctionnelles: reproduction et robustesse d'une étude
auteur
Elodie Germani, Nikhil Baghwat, Mathieu Dugré, Rémi Gau, Andrzej Sokolowski, Elisa Fromont, Camille Maumet, Madeleine Sharp, Jean-Baptiste Poline, Tristan Glatard
article
IABM 2024 - 2ème édition du Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédicale , Mar 2024, Grenoble, France
article
🏆 This poster was awarded with the Best poster in medical imaging price during the conference, sponsored by Guerbet.
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https://inserm.hal.science/inserm-04531392v1/file/abstract-iabm2024-egermani.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
On the benefits of self-taught learning for brain decoding
auteur
Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
article
GigaScience, 2023, 12, pp.1-17. ⟨10.1093/gigascience/giad029⟩
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https://inria.hal.science/hal-03769993/file/on_the_benefits_of_self_taught_learning.pdf BibTex

Preprints

titre
The HCP multi-pipeline dataset: an opportunity to investigate analytical variability in fMRI data analysis
auteur
Elodie Germani, Elisa Fromont, Pierre Maurel, Camille Maumet
article
Data paper soon submitted in Scientific data (pending DPO approval).
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https://inserm.hal.science/inserm-04356768/file/main.pdf BibTex

Poster communications

titre
Exploring variability patterns in the task-fMRI analytical space
auteur
Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
article
OHBM 2023 - 29th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jul 2023, Montreal, Canada
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https://inria.hal.science/hal-03991042/file/abstract_OHBM.pdf BibTex
titre
Representation learning for more reproducible fMRI data analyses
auteur
Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
article
IABM 2023 - Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédical, Mar 2023, Paris, France. pp.1
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https://inria.hal.science/hal-04068797/file/poster_elodiegermani.pdf BibTex

2022

Poster communications

titre
FMRI data analysis: How does analytical variability vary with sample size?
auteur
Elodie Germani, Camille Maumet
article
OHBM 2022 - 28th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jun 2022, Glasgow, United Kingdom. pp.1-5
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https://inserm.hal.science/inserm-03642535/file/abstract_analytical_variability_sample_size_egermani_cmaumet.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
SAPHIR: a Shiny application to analyze tissue section images
auteur
Elodie Germani, Hugues Lelouard, Mathieu Fallet
article
F1000Research, 2020, 9, pp.1276. ⟨10.12688/f1000research.27062.2⟩
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https://f1000research.com/articles/9-1276/v2/pdf?article_uuid=fd674527-6441-4609-9579-f4a028936a43 BibTex